2006-yil 4-oktabrda Lesoto mustaqilligining 40-yilligi munosabati bilan qabul qilingan Lesotoning hozirgi milliy bayrogʻi[1] gorizontal koʻk, oq va yashil trikolor bilan oʻrtada qora mokorotlo (Bazoto shlyapasi) tasvirlangan.[2] Dizayn qalqon, nayza va nayzaning harbiy emblemasi tasvirlangan eski bayroq dizaynini oʻrnini bosgan holda, ichki va yagona qoʻshni Janubiy Afrika bilan doʻstona munosabatda boʻlgan davlatni aks ettirish uchun moʻljallangan.[3]
Lesotoning birinchi bayrogʻi 1966-yil 4-oktabrda, Lesoto Buyuk Britaniyadan toʻliq mustaqillikka erishgan kuni joriy etilgan. Unda taniqli oq mokorotlo tasvirlangan. Bayroqdagi koʻk rang osmon va yomgʻirning ramzi, oq rang tinchlikning ramzi, yashil rang quruqlikning va qizil rang esa imonni anglatuvchi ramzdir.
Serjant Retšelisitsoe Matete[5] tomonidan ishlab chiqilgan yangi bayroq 1987-yil 20- yanvarda Basotho milliy partiyasini 20 yillik hokimiyatdan keyin agʻdargan harbiy toʻntarishdan keyin qabul qilingan. Ochiq jigarrang anʼanaviy Basotho qalqoni assegai (nayza) va knobkierrie (klub) bilan mokorotloni asosiy emblema sifatida almashtirdi. Rang sxemasi va naqsh ham tinchlik uchun turg Pastki diagonalda yomgʻir ramzi uchun koʻk chiziq va farovonlik uchun yashil uchburchak mavjud edi.
2006-yilda taklif qilingan toʻrtta dizayndan yangi bayroq tanlandi; bu dizaynlarning barchasi qalqon oʻrniga jigarrang Basotho shlyapasini oʻz ichiga olgan edi. Keyinchalik bu Lesotoni qora tanli millat sifatida ifodalash uchun qora Basotho shlyapasiga oʻzgartirildi. Bayroqni oʻzgartirish toʻgʻrisidagi qonun loyihasi 2006-yil 18-sentabrda Milliy Assambleya tomonidan maʼqullangan, parlamentning 84 aʼzosi uni yoqlab, 18 nafari qarshi, ikki nafari betaraf qolgan.[6] Keyinchalik u Senat tomonidan ham maʼqullandi.